Scipy odr fails when Errors are given as Array – Problem is not full rank at solution

When trying to do orthogonal distance regression for a linear model, the scipy.odr package fails whenever I hand it errors (in x and y) in array shape (as opposed to scalar). The Error is “Problem is not full rank at solution”. It works, as long as these parameters are scalars, but that is not my requirement.

“Not full rank” appears usually when there isn’t sufficient data to describe the model (rank-deficiency). This is not the case for me. Even for simple synthetic data, the problem remains. Also, trying to reproduce the answer here (other ODR issue) does not work for me. I get again the rank error.

This code below is a minumum “working” example:

import numpy as np
from scipy.optimize import curve_fit
import scipy.odr as odr
import matplotlib.pyplot as plt


def odrlin(b,x):
    return b[0]*x+b[1]
linmodel = odr.Model(odrlin)

fig,ax = plt.subplots()

x = np.linspace(1,10,10)
y = 2.8*x+4.2
y = y*(1+(np.random.random(len(y))-0.5)*0.2) #some noise in y
xerr, yerr = np.ones(len(x))*x*0.1, np.ones(len(y))*y*0.1 #10 % relative error in x and y
ax.errorbar(x,y,xerr=xerr,yerr=yerr,ls='',marker='.')

#case 1 - functioning
print('case 1')
sx, sy = 0.1, 2
odrdata = odr.RealData(x=x,y=y,sx=sx,sy=sy)
myodr = odr.ODR(odrdata,linmodel,beta0=[2,4])
odrout = myodr.run()
odrout.pprint()

#case 2 - does not work
print('n case 2')
sx, sy = xerr,yerr
odrdata = odr.RealData(x=x,y=y,sx=sx,sy=sy)
myodr = odr.ODR(odrdata,linmodel,beta0=[2,4])
odrout = myodr.run()
odrout.pprint()

#case 3 - does still not work
print('n case 3')
sx, sy = np.ones(len(x))*0.1,np.ones(len(y))*2
odrdata = odr.RealData(x=x,y=y,sx=sx,sy=sy)
myodr = odr.ODR(odrdata,linmodel,beta0=[2,4])
odrout = myodr.run()
odrout.pprint()

New contributor

SCguy is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
Check out our Code of Conduct.

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật