post-hoc test for multinomial logistic regression brm model (categorical responce)

I apologise as I am very new to this package and I really appreciate any help I can get.

I have a brms model with a categorical response variable (Species) with the following formula, running a multinomial logistics regression (I believe).
Species ~ Density_1 + Density_2 + Canopy_Height + Soil_texture + pH + (1 | Fragment).

All the explanatory variables are continuous and represent different habitat characteristics for six different plant species. I want to see which variables are correlated with the presence of which species. I need now to conduct some post hoc analysis for this model since the first species was used as the intercept and I am unable to see the effect of the habitat variables on this first species. I have tried using emmeans and bayestestR but neither seem compatible with the categorical brmsfit model object. Any suggestions for what I can do ?

Below is my model code:

model1_07<- brm(Species ~ 
                   Density_1 +
                   Density_2 +
                   Canopy_Height +
                   Soil_texture +
                   pH
                 + (1 | Fragment)
                 , data = df_scaled_use, 
                 family = categorical(), 
                 iter = 10000, #may need to have upwards of 10000
                 # burn =
                 thin=1,
                 save_pars = save_pars(all = TRUE))

Here is my model output if that is helpful:


 Family: categorical 
  Links: muCprestonianus = logit; muCpsammophilus = logit; muCsaintelucei = logit; muDbrevicaulis = logit; muDscottiana = logit 
Formula: Species ~ Density_1 + Density_2 + Canopy_Height + Soil_texture + pH + (1 | Fragment) 
   Data: df_scaled_use (Number of observations: 120) 
  Draws: 4 chains, each with iter = 10000; warmup = 5000; thin = 1;
         total post-warmup draws = 20000

Multilevel Hyperparameters:
~Fragment (Number of levels: 5) 
                              Estimate Est.Error l-95% CI u-95% CI Rhat Bulk_ESS Tail_ESS
sd(muCprestonianus_Intercept)     4.83      2.50     1.70    11.16 1.00    10823    11896
sd(muCpsammophilus_Intercept)     1.17      1.05     0.04     3.88 1.00     7864     9312
sd(muCsaintelucei_Intercept)      1.01      0.88     0.04     3.30 1.00     6633     5801
sd(muDbrevicaulis_Intercept)      4.80      2.91     1.61    12.87 1.00     2317      864
sd(muDscottiana_Intercept)        1.46      0.95     0.13     3.78 1.00     6741     6506

Regression Coefficients:
                              Estimate Est.Error l-95% CI u-95% CI Rhat Bulk_ESS Tail_ESS
muCprestonianus_Intercept        -1.24      1.91    -5.34     2.26 1.00    12108    11102
muCpsammophilus_Intercept        -0.25      0.93    -2.22     1.44 1.00     8064     8688
muCsaintelucei_Intercept         -0.17      0.85    -1.99     1.45 1.00     8935     5006
muDbrevicaulis_Intercept         -2.78      2.36    -8.33     1.06 1.00    10170     8498
muDscottiana_Intercept            0.16      0.94    -1.70     2.05 1.00    11847    12408
muCprestonianus_Density_1        -1.75      1.10    -4.12     0.22 1.00     4875     1057
muCprestonianus_Density_2         0.72      0.85    -0.76     2.58 1.00    11069    12796
muCprestonianus_Canopy_Height    -0.45      0.57    -1.55     0.71 1.00    15702    12974
muCprestonianus_Soil_texture     -0.64      0.75    -2.16     0.78 1.00     6655     4310
muCprestonianus_pH                1.95      0.76     0.55     3.57 1.00    12281    11766
muCpsammophilus_Density_1        -1.91      0.77    -3.50    -0.46 1.00    10998    12544
muCpsammophilus_Density_2        -2.69      0.81    -4.33    -1.21 1.00    12036    14095
muCpsammophilus_Canopy_Height    -1.29      0.58    -2.47    -0.22 1.00    12979    14650
muCpsammophilus_Soil_texture      0.24      0.57    -0.88     1.38 1.00     9225    11769
muCpsammophilus_pH                0.28      0.66    -1.01     1.61 1.00    11301    11847
muCsaintelucei_Density_1          0.92      0.60    -0.22     2.13 1.00    11401    12351
muCsaintelucei_Density_2         -1.93      0.64    -3.27    -0.76 1.00    10004    11519
muCsaintelucei_Canopy_Height     -1.03      0.55    -2.14     0.03 1.00    12773    14404
muCsaintelucei_Soil_texture      -1.77      0.61    -3.06    -0.65 1.00    11457    12137
muCsaintelucei_pH                 0.37      0.59    -0.78     1.54 1.00    13250    13415
muDbrevicaulis_Density_1         -1.60      0.74    -3.14    -0.22 1.00    10458    11812
muDbrevicaulis_Density_2         -1.89      0.74    -3.42    -0.54 1.00    11121    11950
muDbrevicaulis_Canopy_Height     -0.86      0.57    -1.97     0.26 1.00    13287    14843
muDbrevicaulis_Soil_texture       1.30      0.64     0.09     2.61 1.00    10737    12441
muDbrevicaulis_pH                 1.68      0.71     0.35     3.16 1.00    11590    10872
muDscottiana_Density_1           -0.85      0.70    -2.28     0.48 1.00     8326    12671
muDscottiana_Density_2           -3.00      0.79    -4.67    -1.58 1.00    10508     8612
muDscottiana_Canopy_Height       -2.72      0.70    -4.16    -1.41 1.00    12085    13191
muDscottiana_Soil_texture         0.57      0.60    -0.58     1.76 1.00     9218    11485
muDscottiana_pH                   1.31      0.64     0.07     2.59 1.00     9169     5931

Many many thanks!

I have tried emmeans and bayestestR for doing a post hoc test. I have also been using conditional_effects() to get the effects of my predictors.

New contributor

Leo is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
Check out our Code of Conduct.

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật