Is it possible for a deployed app on shinyapps.io to open and run another app (Fiji) on the client side?

I have built a Shiny App that works well locally and is able to automatically open a separate app (ImageJ Fiji), run a macro code to analyze an image, and then feed the results back to the Shiny App using the following:

Path0 <- "C:/Users/Username/Fiji.app/ImageJ-win64.exe --ij2 --run C:/Users/Username/Fiji.app/macros/TestingShiny.ijm"
system(Path0)

I’m now trying to use shinyapps.io to run the app so that other users will not have to download R in order to run the full analysis (I’m thinking Fiji will still need to be downloaded on every user’s computer).

I made a very abbreviated version of my app to test out, and there is (understandably) a disconnect when trying to run this file path and system call once deployed on shinyapps.io.

## Load Packages
pacman::p_load(pacman, rmarkdown, shiny, shinydashboard, shinyWidgets, fresh, here, tinytex, htmlwidgets)

# Create the theme
Theme <- create_theme(
  adminlte_color(
    red = "#FF4719"
  ),
  adminlte_sidebar(
    dark_bg = "#293745",
    dark_hover_bg = "#3CAAFF",
  )
)

## Assign File Paths
Path0 <- "C:/Users/Username/Fiji.app/ImageJ-win64.exe --ij2 --run C:/Users/Username/Fiji.app/macros/TestingShiny.ijm"

ui <- dashboardPage(skin = "red",
                      
                      dashboardHeader(
                        title = h4(HTML("Test"))),
                      
                      dashboardSidebar(
                        sidebarMenu(id = "sidebarid",       
                                    menuItem("Test Run", tabName = "info"))),
                                    
                      
                      dashboardBody(
                        use_theme(Theme),
                        tabItems(
                          tabItem(tabName = "info",  
                                  fluidRow(
                                    column( width = 4,
                                            fluidRow(
                                    actionBttn(inputId = "go", label = "Go!"),
                                    tableOutput(outputId = "text"))
                      )
  )))))
  

  server <- function(input, output, session) {
    ## Sets observeEvent with eventReactive for Go button click  
    observeEvent(input$go, {
      
      ## Runs Fiji and accompanying macro
      system(Path0) 
      
      ## Pulls Result file from Output folder
      Result <- eventReactive(input$go, {read.delim(Path1)})
      Filepath1 <- here("Output", "Log.txt")
      write.csv(Result(), Filepath1 , row.names = FALSE)
      ## Displays the result
      output$text <- renderTable(align = 'c', {Result()})
      
      })}
  
  
  shinyApp(ui, server)

Is there a way to pass the file path of the Fiji app and macro file on the client’s side so that it can open and run on their computer then feed the results back to the Shiny App? Would shinyFiles or shiny::fileInput() work here?

I am pretty new to R Shiny and am just starting to look into shinyapps.io functionality and if my goal is feasible. Any direction to try out is greatly appreciated.

New contributor

Mary Sowers is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
Check out our Code of Conduct.

No, it is not possible for a deployed app on to open and run another app (Fiji) on the client side.

is a platform for hosting and deploying Shiny apps, which are web-based applications that run on the server-side. When a user accesses a Shiny app, the app runs on the server, and the user interacts with it through a web browser.

Fiji, on the other hand, is a desktop application that needs to be installed and run on the client-side (i.e., the user’s local machine).

Due to security restrictions and the architecture of web applications, a Shiny app running on cannot:

  • Install software on the client-side
  • Execute arbitrary code on the client-side
  • Open or run desktop applications on the client-side

However, there are alternative solutions to achieve similar functionality, such as:

  • Using JavaScript or other client-side technologies to interact with Fiji or other desktop applications
  • Creating a separate web application that communicates with Fiji through APIs or other means
  • Using containerization or virtualization technologies to run Fiji in a controlled environment
New contributor

ayesha khurram is a new contributor to this site. Take care in asking for clarification, commenting, and answering.
Check out our Code of Conduct.

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật