How to computing k-nearest neighbors from rectangular distance matrix (i.e., scipy.spatial.distance.cdist) in Python?

I want to calculate the k-nearest neighbors using either sklearn, scipy, or numpy but from a rectangular distance matrix that is output from scipy.spatial.distance.cdist.

I have tried inputting into the kneighbors_graph and KNeighborsTransformer with metric="precomputed" but have not been successful.

How can I achieve this?

from scipy.spatial.distance import cdist
from sklearn.datasets import make_classification
from sklearn.neighbors import kneighbors_graph, KNeighborsTransformer

X, _ = make_classification(n_samples=15, n_features=4, n_classes=2, n_clusters_per_class=1, random_state=0)
A = X[:10,:]
B = X[10:,:]
A.shape, B.shape
# ((10, 4), (5, 4))

# Rectangular distance matrix
dist = cdist(A,B)
dist.shape
# (10, 5)

n_neighbors=3
kneighbors_graph(dist, n_neighbors=n_neighbors, metric="precomputed")

# ---------------------------------------------------------------------------
# ValueError                                Traceback (most recent call last)
# Cell In[165], line 17
#      14 # (10, 5)
#      16 n_neighbors=3
# ---> 17 kneighbors_graph(dist, n_neighbors=n_neighbors, metric="precomputed")

# File ~/miniconda3/envs/soothsayer_env/lib/python3.9/site-packages/sklearn/neighbors/_graph.py:117, in kneighbors_graph(X, n_neighbors, mode, metric, p, metric_params, include_self, n_jobs)
#      50 """Compute the (weighted) graph of k-Neighbors for points in X.
#      51 
#      52 Read more in the :ref:`User Guide <unsupervised_neighbors>`.
#    (...)
#     114        [1., 0., 1.]])
#     115 """
#     116 if not isinstance(X, KNeighborsMixin):
# --> 117     X = NearestNeighbors(
#     118         n_neighbors=n_neighbors,
#     119         metric=metric,
#     120         p=p,
#     121         metric_params=metric_params,
#     122         n_jobs=n_jobs,
#     123     ).fit(X)
#     124 else:
#     125     _check_params(X, metric, p, metric_params)

# File ~/miniconda3/envs/soothsayer_env/lib/python3.9/site-packages/sklearn/neighbors/_unsupervised.py:176, in NearestNeighbors.fit(self, X, y)
#     159 """Fit the nearest neighbors estimator from the training dataset.
#     160 
#     161 Parameters
#    (...)
#     173     The fitted nearest neighbors estimator.
#     174 """
#     175 self._validate_params()
# --> 176 return self._fit(X)

# File ~/miniconda3/envs/soothsayer_env/lib/python3.9/site-packages/sklearn/neighbors/_base.py:545, in NeighborsBase._fit(self, X, y)
#     543     # Precomputed matrix X must be squared
#     544     if X.shape[0] != X.shape[1]:
# --> 545         raise ValueError(
#     546             "Precomputed matrix must be square."
#     547             " Input is a {}x{} matrix.".format(X.shape[0], X.shape[1])
#     548         )
#     549     self.n_features_in_ = X.shape[1]
#     551 n_samples = X.shape[0]

# ValueError: Precomputed matrix must be square. Input is a 10x5 matrix.

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật