How to analyse cause of memory usage not shown by htop

How can I best debug the following issue from here on?

I have a

  • python application
  • running in a podman container which has
  • plenty disk I/O due to a numpy memmap of two huge files, one input file which I read in chunks, process the chunk and write the result in the other mem mapped file.

I noticed that running the application leads to

  • increasing total RAM usage, eventually leading to
  • OOM situations on my system.

I tried finding the cause but

  • couldn’t find references in my python code which would leak memory.

According to sudo htop

  • the application itself does not consume the memory when accounting for resident memory size only, which it defines as text sections + data sections + stack usage.

  • Mem 11.0G / 14.6G

  • 18.7 MEM% (of ~16G RAM)

later:

  • Mem 14.3 / 14.6G
  • 0.1 MEM% (of ~16G RAM)

According to ps auwx:

USER PID %CPU %MEM VSZ RSS TTY STAT START TIME COMMAND
user 9874 44.9 0.0 14651602572 8092 pts/0 DNsl+ 10:40 275:13 /root/.local/share/virtualenvs/app-4PlAip0Q/bin/python main.py

Plain text
Copy to clipboard
Open code in new window
EnlighterJS 3 Syntax Highlighter
<code># /proc/meminfo
MemTotal: 15258424 kB
MemFree: 143284 kB
MemAvailable: 0 kB
Buffers: 304 kB
Cached: 51496 kB
SwapCached: 1380 kB
Active: 812 kB
Inactive: 5800 kB
Active(anon): 0 kB
Inactive(anon): 1492 kB
Active(file): 812 kB
Inactive(file): 4308 kB
Unevictable: 46068 kB
Mlocked: 0 kB
SwapTotal: 67108860 kB
SwapFree: 66860540 kB
Zswap: 0 kB
Zswapped: 0 kB
Dirty: 144 kB
Writeback: 124 kB
AnonPages: 1276 kB
Mapped: 2916 kB
Shmem: 46020 kB
KReclaimable: 40196 kB
Slab: 1482400 kB
SReclaimable: 40196 kB
SUnreclaim: 1442204 kB
KernelStack: 3984 kB
PageTables: 13424812 kB
SecPageTables: 0 kB
NFS_Unstable: 0 kB
Bounce: 0 kB
WritebackTmp: 0 kB
CommitLimit: 74737048 kB
Committed_AS: 1396560 kB
VmallocTotal: 34359738367 kB
VmallocUsed: 54808 kB
VmallocChunk: 0 kB
Percpu: 2496 kB
HardwareCorrupted: 0 kB
AnonHugePages: 0 kB
ShmemHugePages: 0 kB
ShmemPmdMapped: 0 kB
FileHugePages: 0 kB
FilePmdMapped: 0 kB
HugePages_Total: 1
HugePages_Free: 1
HugePages_Rsvd: 0
HugePages_Surp: 0
Hugepagesize: 2048 kB
Hugetlb: 2048 kB
DirectMap4k: 464816 kB
DirectMap2M: 14129152 kB
DirectMap1G: 2097152 kB
</code>
<code># /proc/meminfo MemTotal: 15258424 kB MemFree: 143284 kB MemAvailable: 0 kB Buffers: 304 kB Cached: 51496 kB SwapCached: 1380 kB Active: 812 kB Inactive: 5800 kB Active(anon): 0 kB Inactive(anon): 1492 kB Active(file): 812 kB Inactive(file): 4308 kB Unevictable: 46068 kB Mlocked: 0 kB SwapTotal: 67108860 kB SwapFree: 66860540 kB Zswap: 0 kB Zswapped: 0 kB Dirty: 144 kB Writeback: 124 kB AnonPages: 1276 kB Mapped: 2916 kB Shmem: 46020 kB KReclaimable: 40196 kB Slab: 1482400 kB SReclaimable: 40196 kB SUnreclaim: 1442204 kB KernelStack: 3984 kB PageTables: 13424812 kB SecPageTables: 0 kB NFS_Unstable: 0 kB Bounce: 0 kB WritebackTmp: 0 kB CommitLimit: 74737048 kB Committed_AS: 1396560 kB VmallocTotal: 34359738367 kB VmallocUsed: 54808 kB VmallocChunk: 0 kB Percpu: 2496 kB HardwareCorrupted: 0 kB AnonHugePages: 0 kB ShmemHugePages: 0 kB ShmemPmdMapped: 0 kB FileHugePages: 0 kB FilePmdMapped: 0 kB HugePages_Total: 1 HugePages_Free: 1 HugePages_Rsvd: 0 HugePages_Surp: 0 Hugepagesize: 2048 kB Hugetlb: 2048 kB DirectMap4k: 464816 kB DirectMap2M: 14129152 kB DirectMap1G: 2097152 kB </code>
# /proc/meminfo
MemTotal:       15258424 kB
MemFree:          143284 kB
MemAvailable:          0 kB
Buffers:             304 kB
Cached:            51496 kB
SwapCached:         1380 kB
Active:              812 kB
Inactive:           5800 kB
Active(anon):          0 kB
Inactive(anon):     1492 kB
Active(file):        812 kB
Inactive(file):     4308 kB
Unevictable:       46068 kB
Mlocked:               0 kB
SwapTotal:      67108860 kB
SwapFree:       66860540 kB
Zswap:                 0 kB
Zswapped:              0 kB
Dirty:               144 kB
Writeback:           124 kB
AnonPages:          1276 kB
Mapped:             2916 kB
Shmem:             46020 kB
KReclaimable:      40196 kB
Slab:            1482400 kB
SReclaimable:      40196 kB
SUnreclaim:      1442204 kB
KernelStack:        3984 kB
PageTables:     13424812 kB
SecPageTables:         0 kB
NFS_Unstable:          0 kB
Bounce:                0 kB
WritebackTmp:          0 kB
CommitLimit:    74737048 kB
Committed_AS:    1396560 kB
VmallocTotal:   34359738367 kB
VmallocUsed:       54808 kB
VmallocChunk:          0 kB
Percpu:             2496 kB
HardwareCorrupted:     0 kB
AnonHugePages:         0 kB
ShmemHugePages:        0 kB
ShmemPmdMapped:        0 kB
FileHugePages:         0 kB
FilePmdMapped:         0 kB
HugePages_Total:       1
HugePages_Free:        1
HugePages_Rsvd:        0
HugePages_Surp:        0
Hugepagesize:       2048 kB
Hugetlb:            2048 kB
DirectMap4k:      464816 kB
DirectMap2M:    14129152 kB
DirectMap1G:     2097152 kB

This suggests the page table entries fill up most of the RAM, using up ~13.4 GB, according to /proc/meminfo. I can’t tell why memory mapping the files leads to this situation where apparently plenty of pages have to stay mapped and won’t be flushed and discarded. Also, I don’t understand why the usage is not shown by htop under some process.

Screenshots

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật