GitHub not updating changed files that are symbolic links

This refresh.sh script works fine for updating normal files to GitHub:

$ cat refresh.sh
#!/bin/bash

# refresh.sh - Update ~/HomA/src and then publish to GitHub

# Pass commit message as first parameter (referenced as "$1")

# First time usage:
#       ~/HomA$ chmod a+x refresh.sh

# Requires two directories ~/HomA (development directory) and
# ~/HomA/src (the published clone)

# Make sure credentials are stored /a/17979600/6929343

#       $ git config credential.helper store
#       $ git push https://github.com/pippim/HomA.git
#       Username: <type your username>
#       Password: <type your password>

# ll ~/.git*
# -rw-rw-r-- 1 rick rick  106 Dec 28  2021 /home/rick/.gitconfig
# -rw------- 1 rick rick   67 Nov 29 15:45 /home/rick/.git-credentials
# -rw-rw-r-- 1 rick rick   23 Nov 16  2021 /home/rick/.gitignore
# -rw-rw-r-- 1 rick rick   12 Feb 19  2022 /home/rick/.gitkeep

# /home/rick/.git-credential-cache:
# total 16
# drwx------  2 rick rick  4096 Nov 29 16:00 ./
# drwxr-xr-x 80 rick rick 12288 Dec  1 07:22 ../

if [ ! -d ~/HomA ] ; then 
    echo Requires directories ~/HomA and ~/HomA/src
    exit 101
fi

if [ ! -d ~/HomA/src ] ; then 
    echo Requires directories ~/HomA and ~/HomA/src
    exit 102
fi

if [ -z "$1" ] ; then
    now=$(date)
    commit_message="Refresh repository on: $now"
else
    commit_message="$1"
fi

echo "=== COMMIT MESSAGE set to: '$commit_message'"

cd ~/HomA/src

echo
echo "=== PULLING: $PWD changes from github.com"

git pull
retVal=$?
if [ $retVal -ne 0 ]; then
    echo "git pull FAILED with code: $retVal"
    exit $retVal
fi

cd ~/HomA || exit  1  # In case it fails

cd ~/HomA/src

echo
echo "=== UPDATING: $PWD"

cp -r ~/HomA/bias.jpg .
cp -r ~/HomA/calc.py .
cp -r ~/HomA/computer.jpg .
cp -r ~/HomA/external.py .
cp -r ~/HomA/global_variables.py .
cp -r ~/HomA/homa_common.py .
cp -r ~/HomA/homa-indicator.py .
cp -r ~/HomA/homa.py .
cp -r ~/HomA/hs100.sh .
cp -r ~/HomA/image.py .
cp -r ~/HomA/laptop_b.jpg .
cp -r ~/HomA/laptop_d.jpg .
cp -r ~/HomA/message.py .
cp -r ~/HomA/monitor.py .
cp -r ~/HomA/sony.jpg .
cp -r ~/HomA/sql.py .
cp -r ~/HomA/tcl.jpg .
cp -r ~/HomA/timefmt.py .
cp -r ~/HomA/toolkit.py .
cp -r ~/HomA/x11.py .

git add bias.jpg
git add calc.py
git add computer.jpg
git add external.py
git add global_variables.py
git add homa_common.py
git add homa-indicator.py
git add homa.py
git add hs100.sh
git add image.py
git add laptop_b.jpg
git add laptop_d.jpg
git add message.py
git add monitor.py
git add sony.jpg
git add sql.py
git add tcl.jpg
git add timefmt.py
git add toolkit.py
git add x11.py


retVal=$?
if [ $retVal -ne 0 ]; then
    echo "git add src/x11.py FAILED with code: $retVal"
    exit $retVal
fi

# Pull the trigger and commit changes
git commit -m "$commit_message"
retVal=$?
if [ $retVal -ne 0 ]; then
    echo "git commit -m FAILED with code: $retVal"
    exit $retVal
fi

echo
echo "=== PUSHING: $PWD changes to github.com"

git push
retVal=$?
if [ $retVal -ne 0 ]; then
    echo "git push FAILED with code: $retVal"
    exit $retVal
fi

However it fails with symbolic files. For example, toolkit.py was just changed but it didn’t refresh in GitHub:

$ refresh.sh "Begin Notebook Configuraation Tabs"
=== COMMIT MESSAGE set to: 'Begin Notebook Configuraation Tabs'

=== PULLING: /home/rick/HomA/src changes from github.com
Already up to date.

=== UPDATING: /home/rick/HomA/src
[main 3ca1dc5] Begin Notebook Configuraation Tabs
 1 file changed, 441 insertions(+), 198 deletions(-)

=== PUSHING: /home/rick/HomA/src changes to github.com
Enumerating objects: 7, done.
Counting objects: 100% (7/7), done.
Delta compression using up to 8 threads
Compressing objects: 100% (4/4), done.
Writing objects: 100% (4/4), 5.82 KiB | 425.00 KiB/s, done.
Total 4 (delta 3), reused 0 (delta 0), pack-reused 0 (from 0)
remote: Resolving deltas: 100% (3/3), completed with 3 local objects.
To https://github.com/pippim/HomA
   cc71a18..3ca1dc5  main -> main
────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
$ ll toolkit.*
lrwxrwxrwx 1 rick rick     28 Oct 15 16:37 toolkit.py -> /home/rick/python/toolkit.py
-rw-rw-r-- 1 rick rick 136034 Dec 20 17:13 toolkit.pyc
────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
$ ll ~/python/toolkit.py
-rw-rw-r-- 1 rick rick 224852 Dec 20 16:06 /home/rick/python/toolkit.py

I’ve reviewed various Q&A’s in Stack Overflow but haven’t found a similar question with suitable answer.

I’m updating this repo. It probably won’t help, but here is a screenshot of the source directory:

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật