Converting a data.tree object into a dendrogram to use in ggplot2

I have run an R package (scSHC) that, given a dataset and a list of clustering labels, it re-analyzes the data and returns a data.tree object with the statistically significant clusters, and a list of the new clustering labels.

> print(test_scSHC_SCT_seu0.5[[2]], "level", "height")
                                    levelName level height
1  Node 0: 0                                      1      9
2   ¦--Cluster 1                                  2      1
3   °--Node 1: 0                                  2      8
4       ¦--Cluster 2: 0.09                        3      1
5       °--Node 2: 0                              3      7
6           ¦--Cluster 3: 1                       4      1
7           °--Node 3: 0                          4      6
8               ¦--Cluster 4                      5      1
9               °--Node 4: 0                      5      5
10                  ¦--Node 5: 0                  6      4
11                  ¦   ¦--Cluster 5              7      1
12                  ¦   °--Node 7: 0              7      3
13                  ¦       ¦--Cluster 6          8      1
14                  ¦       °--Node 10: 0         8      2
15                  ¦           ¦--Cluster 11     9      1
16                  ¦           °--Cluster 12     9      1
17                  °--Node 6: 0                  6      3
18                      ¦--Node 8: 0              7      2
19                      ¦   ¦--Cluster 7          8      1
20                      ¦   °--Cluster 8          8      1
21                      °--Node 9: 0              7      2
22                          ¦--Cluster 9          8      1
23                          °--Cluster 10         8      1

In this case, Clusters 2 & 3’s subdivisions didn’t pass the p-value <0.05 significance threshold (that’s the number next to the label) and are merging 2 original clustering labels in each of them.

Now, I want to generate a plot like this one (using ggplot2), but adding the tree/dendrogram on the X-axis, with proper alignment of each element:

(note, this plot uses the old labels and needs to be changed)

I was planning to use patchwork to do that, but I am having trouble generating a nice-looking tree/dendrogram in ggplot2 format.

When I use the plot function with center = TRUE I get a nice-looking tree:

> plot(as.dendrogram(test_scSHC_SCT_seu0.5[[2]]), center = TRUE)

However, the 2 methods I have tried to generate ggplot objects with this tree, have horizontal lines collapsed into the previous level that look very ugly and are similar to the use of plot with center=FALSE.

plot(as.dendrogram(test_scSHC_SCT_seu0.5[[2]]))

1- Convert the data with as.dendrogram and use ggdendro::ggdendrogram to plot it:

> dd <-  as.dendrogram(test_scSHC_SCT_seu0.5[[2]], heightAttribute = function(x) x$height )
> head(dd,20)
--[dendrogram w/ 2 branches and 12 members at h = 9]
  |--leaf "Cluster 1" (h= 1  )
  `--[dendrogram w/ 2 branches and 11 members at h = 8]
     |--leaf "Cluster 2: 0.09" (h= 1  )
     `--[dendrogram w/ 2 branches and 10 members at h = 7]
        |--leaf "Cluster 3: 1" (h= 1  )
        `--[dendrogram w/ 2 branches and 9 members at h = 6]
           |--leaf "Cluster 4" (h= 1  )
           `--[dendrogram w/ 2 branches and 8 members at h = 5]
              |--[dendrogram w/ 2 branches and 4 members at h = 4]
              |  |--leaf "Cluster 5" (h= 1  )
              |  `--[dendrogram w/ 2 branches and 3 members at h = 3]
              |     |--leaf "Cluster 6" (h= 1  )
              |     `--[dendrogram w/ 2 branches and 2 members at h = 2]
              |        |--leaf "Cluster 11" (h= 1  )
              |        `--leaf "Cluster 12" (h= 1  )
              `--[dendrogram w/ 2 branches and 4 members at h = 3]
                 |--[dendrogram w/ 2 branches and 2 members at h = 2]
                 |  |--leaf "Cluster 7" (h= 1  )
                 |  `--leaf "Cluster 8" (h= 1  )
                 `--[dendrogram w/ 2 branches and 2 members at h = 2]
                    |--leaf "Cluster 9" (h= 1  )
                    `--leaf "Cluster 10" (h= 1  )
etc... 
> ggdendrogram(dd)

2- convert the data to a data.frame using ggdendro::dendro_data and use ggplot to draw the segments

> ddd <- dendro_data(dd, type = "rectangle")
> ddd
$segments
      x y xend yend
1   6.5 9    1    9
2   1.0 9    1    1
3   6.5 9    2    9
4   2.0 9    2    8
5   7.5 8    2    8
6   2.0 8    2    1
7   7.5 8    3    8
8   3.0 8    3    7
9   8.0 7    3    7
10  3.0 7    3    1
11  8.0 7    4    7
12  4.0 7    4    6
13  8.5 6    4    6
14  4.0 6    4    1
15  8.5 6    5    6
16  5.0 6    5    5
17  9.0 5    5    5
18  5.0 5    5    4
19  9.0 5    9    5
20  9.0 5    9    3
21  7.0 4    5    4
22  5.0 4    5    1
23  7.0 4    6    4
24  6.0 4    6    3
25  7.5 3    6    3
26  6.0 3    6    1
27  7.5 3    7    3
28  7.0 3    7    2
29  8.0 2    7    2
30  7.0 2    7    1
31  8.0 2    8    2
32  8.0 2    8    1
33 11.0 3    9    3
34  9.0 3    9    2
35 11.0 3   11    3
36 11.0 3   11    2
37 10.0 2    9    2
38  9.0 2    9    1
39 10.0 2   10    2
40 10.0 2   10    1
41 12.0 2   11    2
42 11.0 2   11    1
43 12.0 2   12    2
44 12.0 2   12    1

$labels
    x y           label
1   1 0       Cluster 1
2   2 0 Cluster 2: 0.09
3   3 0    Cluster 3: 1
4   4 0       Cluster 4
5   5 0       Cluster 5
6   6 0       Cluster 6
7   7 0      Cluster 11
8   8 0      Cluster 12
9   9 0       Cluster 7
10 10 0       Cluster 8
11 11 0       Cluster 9
12 12 0      Cluster 10

$leaf_labels
NULL

$class
[1] "dendrogram"

attr(,"class")
[1] "dendro"
> ggplot(segment(ddd)) + 
  geom_segment(aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend)) 

As far as I understand, my biggest issue is that the segments representing the jump from one level to the next are aligned to the left. For example, in the dendro_data object the marked segments should have more “centered” x and xend values:

> ddd
$segments
      x y xend yend
1   6.5 9    1    9
2   1.0 9    1    1
3   6.5 9    2    9
4   2.0 9    2    8 <- 
5   7.5 8    2    8
6   2.0 8    2    1
7   7.5 8    3    8
8   3.0 8    3    7 <-
9   8.0 7    3    7
10  3.0 7    3    1
11  8.0 7    4    7
12  4.0 7    4    6 <-
13  8.5 6    4    6
14  4.0 6    4    1
...

Is there a way to programatically do this or do I need to change the data manually? I have shown just one example but I would need to repeat it for several clustering-depth levels. Also, how can I retrieve the name of all the leaves in the order that they are plotted? (to pass them to the scatter plot as its X-axis order).

Thanks

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật