Concatenate group-wise in a non-blocking way in Nextflow

I want to split a nextflow workflow into separate chunks (vehicle types), then split these chunks even further (vehicles) and then report as soon as all workers for a specific vehicle type are done.

Currently nextflow main.nf results in:

 N E X T F L O W   ~  version 24.04.2

Launching `nextflow_pipeline/main.nf` [amazing_bell] DSL2 - revision: aae9cee085

executor >  local (11)
[6e/28da8a] start     | 1 of 1 ✔
[36/743eea] step1 (2) | 2 of 2 ✔
[cd/50083f] step2 (6) | 6 of 6 ✔
[5f/a823c3] step3 (1) | 2 of 2 ✔
step2: boats1

step2: boats2

step2: cars2

step2: cars3

step2: cars1

step2: cars4

all cars are done

all boats are done

What I would like instead is:

 N E X T F L O W   ~  version 24.04.2

Launching `nextflow_pipeline/main.nf` [amazing_bell] DSL2 - revision: aae9cee085

executor >  local (11)
[6e/28da8a] start     | 1 of 1 ✔
[36/743eea] step1 (2) | 2 of 2 ✔
[cd/50083f] step2 (6) | 6 of 6 ✔
[5f/a823c3] step3 (1) | 2 of 2 ✔
step2: boats1

step2: boats2

all boats are done

step2: cars2

step2: cars3

step2: cars1

step2: cars4

all cars are done

Minimal reproducible example:

process  start {
    output:
        path "vehicle_types.list", emit: vehicle_type

    """
    #!/usr/bin/python3

with open('vehicle_types.list', 'w') as fout:
    for vehicle in ['boats', 'cars']:
        fout.write(vehicle + "\n")
    """
}

process  step1 {
    debug true

    input:
        val vehicle_type

    output:
        path "vehicles.list", emit: vehicles

    """
    #!/usr/bin/python3

import time
if "${vehicle_type}" == 'boats':
    n = 2
else:
    n = 4
with open('vehicles.list', 'w') as fout:
    for i in range(n):
        time.sleep(2)
        fout.write("${vehicle_type}" + str(i + 1) + "\n")
    """
}

process  step2 {
    debug true

    input:
        val vehicle

    output:
        path "not_needed.txt", emit: hacky_output

    """
    echo step2: ${vehicle}
    echo hello > not_needed.txt
    """
}

process  step3 {
    debug true

    input:
        val vehicle_type
        val hacky_variable_to_ensure_step2_completed

    """
    echo "all ${vehicle_type} are done"
    """
}

workflow {
    main:
        start()
        start.out.vehicle_type.splitText().map{it -> it.trim()}.set{vehicle_type}
        step1(vehicle_type)
        step1.out.vehicles.splitText().map{it -> it.trim()}.set{vehicles}
        step2(vehicles)
        step3(vehicle_type, step2.out.hacky_output.last())
}

Currently step3 is being blocked by the .last(). I want to concat the results from step2 in a non-blocking way as soon as all the workers for a specific vehicle type are done instead of waiting till all workers for step2 are done. How do I achieve this?

It sounds like you’re looking for the collect() operator if you want step3 to not even start until all of step2 is complete.

This may work:

step3(vehicle_type, step2.out.hacky_output.collect())

2

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật