Cannot plot scatter points on top of box plot in plotly using R

I am trying to plot scatter data on top of a box plot using Plotly. For this case I need to specify the quantiles manually. When I run the reprex below I get this error

Error in eval(expr, data, expr_env) : object ‘lower_fence’ not found

I would like the scatter data to have the same colour scheme as the box plot but the problem happens whether or not I add the colouring scheme. Essentially I am just trying to add in the outlier points that you get in a normal box plot where the quantiles are computed by plotly.

Any ideas how I can do this?

Plain text
Copy to clipboard
Open code in new window
EnlighterJS 3 Syntax Highlighter
<code>library(plotly)
# create presomputed quantiles
stats_df <- data.frame(
site = c("site 2", "site 1", "site 3", "site 4"),
site_type = c("b_type", "b_type", "a_type", "c_type"),
lower_fence = c(1, 1.5, 2, 2.5),
q1 = c(2, 3, 4, 5),
median = c(6, 6.5, 7, 7.5),
q3 = c(7, 8, 9, 10),
upper_fence = c(11, 12, 13, 14)
)
# create box plot
fig <- plot_ly(
data = stats_df,
x = ~factor(site),
color = ~ factor(site_type),
colors = c("purple", "yellow", "red"),
type="box",
lowerfence = ~ lower_fence,
q1 = ~ q1,
median = ~ median,
q3 = ~ q3,
upperfence = ~ upper_fence)
# create scatter data
filtered_df_sub <- stats_df <- data.frame(
site = c("site 2", "site 1", "site 3", "site 4"),
site_type = c("b_type", "b_type", "a_type", "c_type"),
value = c(1,2,3,4)
)
# add scatter points
fig <- fig %>%
add_trace(
data = filtered_df_sub,
x = ~factor(site), # Use the same x variable for consistency
y = ~value, # Original values for scatter points
color = ~ factor(site_type),
colors = c("purple", "yellow", "red"),
type = "scatter",
mode = "markers",
showlegend = FALSE # Hide legend for scatter points if desired
)
# add axis labels
fig <- fig %>%
layout(title = "Box Plot with Precomputed Statistics",
yaxis = list(title = "Value"),
xaxis = list(title = "Sites"))
fig
</code>
<code>library(plotly) # create presomputed quantiles stats_df <- data.frame( site = c("site 2", "site 1", "site 3", "site 4"), site_type = c("b_type", "b_type", "a_type", "c_type"), lower_fence = c(1, 1.5, 2, 2.5), q1 = c(2, 3, 4, 5), median = c(6, 6.5, 7, 7.5), q3 = c(7, 8, 9, 10), upper_fence = c(11, 12, 13, 14) ) # create box plot fig <- plot_ly( data = stats_df, x = ~factor(site), color = ~ factor(site_type), colors = c("purple", "yellow", "red"), type="box", lowerfence = ~ lower_fence, q1 = ~ q1, median = ~ median, q3 = ~ q3, upperfence = ~ upper_fence) # create scatter data filtered_df_sub <- stats_df <- data.frame( site = c("site 2", "site 1", "site 3", "site 4"), site_type = c("b_type", "b_type", "a_type", "c_type"), value = c(1,2,3,4) ) # add scatter points fig <- fig %>% add_trace( data = filtered_df_sub, x = ~factor(site), # Use the same x variable for consistency y = ~value, # Original values for scatter points color = ~ factor(site_type), colors = c("purple", "yellow", "red"), type = "scatter", mode = "markers", showlegend = FALSE # Hide legend for scatter points if desired ) # add axis labels fig <- fig %>% layout(title = "Box Plot with Precomputed Statistics", yaxis = list(title = "Value"), xaxis = list(title = "Sites")) fig </code>
library(plotly)

# create presomputed quantiles
stats_df <- data.frame(
  site = c("site 2", "site 1", "site 3", "site 4"),
  site_type = c("b_type", "b_type", "a_type", "c_type"),
  lower_fence = c(1, 1.5, 2,  2.5),
  q1 = c(2, 3, 4, 5),
  median = c(6, 6.5, 7, 7.5),
  q3 = c(7, 8, 9, 10),
  upper_fence = c(11, 12, 13, 14)
)

# create box plot
fig <- plot_ly(
  data = stats_df,
  x = ~factor(site),
  color = ~ factor(site_type),
  colors = c("purple", "yellow", "red"),
  type="box",
  lowerfence = ~ lower_fence,
  q1 = ~ q1,
  median = ~ median,
  q3 = ~ q3,
  upperfence = ~ upper_fence)


# create scatter data
filtered_df_sub <- stats_df <- data.frame(
  site = c("site 2", "site 1", "site 3", "site 4"),
  site_type = c("b_type", "b_type", "a_type", "c_type"),
  value = c(1,2,3,4)
)

# add scatter points
fig <- fig %>% 
  add_trace(
    data = filtered_df_sub,
    x = ~factor(site),  # Use the same x variable for consistency
    y = ~value,  # Original values for scatter points
    color = ~ factor(site_type),
    colors = c("purple", "yellow", "red"),
    type = "scatter",
    mode = "markers",
    showlegend = FALSE  # Hide legend for scatter points if desired
  )

# add axis labels
fig <- fig %>%
        layout(title = "Box Plot with Precomputed Statistics",
               yaxis = list(title = "Value"),
               xaxis = list(title = "Sites"))

fig

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật