How do I bind/combine selected columns from multiple dataframes into one

I have many data.frames (448) with the same columns names (9 in total), like this:

       V1              V2      V4    ... V9
ENSG00000000003.15   TSPAN6   7095
ENSG00000000005.6     TNMD    4355
       .                .       .
       .                .       .

i want to create another data.frame, maintaining the first 2 columns (V1 and V2), these are identical in every data.frame, and merge V4 column (these are different for every data.frame) from all data.frames, the rest of the columns should be excluded.

If it could be possible, I would like to rename the V4 columns to “sample1”, “sample2” and so on, until 448.

So the final dataframe should be:

       V1              V2     V4_1    V4_2 ... V4_448
ENSG00000000003.15   TSPAN6   7095    3856       .
ENSG00000000005.6     TNMD    4355    2976       .
       .                .       .      .         . 
       .                .       .      .         .

I already did this:

reader <- function(f){
  read.table(f, sep='t', skip=6, header=FALSE)
}

files <- list.files(path, 
                    recursive=TRUE, full.names=TRUE)

myfilelist <- lapply(files, reader)

But I don’t know how to combine only these selected columns

This is the output of dput(lapply(myfilelist[1:2], head)):

myfilelist <- list(structure(list(V1 = c("ENSG00000000003.15", "ENSG00000000005.6", 
"ENSG00000000419.13", "ENSG00000000457.14", "ENSG00000000460.17", 
"ENSG00000000938.13"), V2 = c("TSPAN6", "TNMD", "DPM1", "SCYL3", 
"C1orf112", "FGR"), V3 = c("protein_coding", "protein_coding", 
"protein_coding", "protein_coding", "protein_coding", "protein_coding"
), V4 = c(7094L, 2L, 4355L, 1149L, 372L, 585L), V5 = c(3573L, 
1L, 2201L, 953L, 553L, 281L), V6 = c(3521L, 1L, 2154L, 883L, 
579L, 308L), V7 = c(59.9764, 0.052, 138.3704, 6.4018, 2.3896, 
6.6335), V8 = c(20.5827, 0.0178, 47.4859, 2.197, 0.8201, 2.2765
), V9 = c(22.2037, 0.0192, 51.2256, 2.37, 0.8847, 2.4558)), row.names = c(NA, 
6L), class = "data.frame"), structure(list(V1 = c("ENSG00000000003.15", 
"ENSG00000000005.6", "ENSG00000000419.13", "ENSG00000000457.14", 
"ENSG00000000460.17", "ENSG00000000938.13"), V2 = c("TSPAN6", 
"TNMD", "DPM1", "SCYL3", "C1orf112", "FGR"), V3 = c("protein_coding", 
"protein_coding", "protein_coding", "protein_coding", "protein_coding", 
"protein_coding"), V4 = c(2616L, 23L, 3746L, 1288L, 510L, 1578L
), V5 = c(1369L, 9L, 1876L, 1015L, 681L, 797L), V6 = c(1250L, 
14L, 1871L, 984L, 693L, 782L), V7 = c(16.8063, 0.4541, 90.4417, 
5.4531, 2.4895, 13.5969), V8 = c(4.8615, 0.1314, 26.1617, 1.5774, 
0.7201, 3.9331), V9 = c(6.0158, 0.1625, 32.3733, 1.9519, 0.8911, 
4.867)), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame"))

2

It’s not clear to me how you want to join this list of data frames (are the first two columns identical?), but here is an option using left-join:

library(dplyr)
library(purrr)

imap(myfilelist, (df, i) select(df, 1:2, "sample{i}" := 4) ) |>
  reduce(left_join, by = join_by(V1, V2))

If the first two columns are identical across all data frames then you could bind them together:

library(dplyr)
library(purrr)

bind_cols(myfilelist[[1]][1:2],
          imap(myfilelist, (df, i) select(df, "sample{i}" := 4)) |> bind_cols())

2

We can do this quite easily in base R as well

bound <- data.frame(myfilelist[[1]][1:2], do.call(cbind, lapply(myfilelist, "[", 4)))
colnames(bound)[-(1:2)] <- paste0("sample", seq(length(myfilelist)))
bound
#                   V1       V2 sample1 sample2
# 1 ENSG00000000003.15   TSPAN6    7094    2616
# 2  ENSG00000000005.6     TNMD       2      23
# 3 ENSG00000000419.13     DPM1    4355    3746
# 4 ENSG00000000457.14    SCYL3    1149    1288
# 5 ENSG00000000460.17 C1orf112     372     510
# 6 ENSG00000000938.13      FGR     585    1578

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật