How to interpret AggregateExpression() in R?

I am new to scRNA-seq analysis and cell type deconvolution. I am attempting to create a ‘pseudobulk’ matrix (where rows = genes, columns = cell types, and cell values = TPM) from my scRNA Seurat object using the AggregateExpression() function. Here is the code that I used to run this (Seurat object = ‘seurat_mes’):

# subset the Seurat object to include only the desired cell types
cell_types_mes <- levels(Idents(seurat_mes)) # specify the cell types of interest
subset_seurat_mes <- subset(seurat_mes, idents = cell_types_mes)

# compute aggregated gene expression
agg_expr_mes <- AggregateExpression(object = subset_seurat_mes, by = "ident")

And this is an example of the output:

> head(agg_expr_mes)
$RNA
21831 x 7 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
                 OBP    OB2     LMP   MALP    OB1   EMP    Ocy
Xkr4               .      4       .      8      1     2      .
Mrpl15         21436  11822   45940  16528   6254  1034   4892
Lypla1         10559   5201   14328   7747   3847   434   2951
Gm37988           33     16      66     29     16     .     12
Tcea1          24986  19689   45397  19175   9076  1304   7329
Rgs20             41     19     315    292      7     9      3
Atp6v1h        11372   6902   18714  10471   3986   708   3586
Rb1cc1         25209  27960   34488  18034  14421  1293  12483
4732440D04Rik    853    832    1637   1328    627    68    512
Alkal1           131   1115    1167     28     58    19    202
St18               6      5      18      6      5     1      3
Pcmtd1         13911  14229   25702  21717   6554   790   6656
Gm26901          500    370     272     57    202    33    182
Sntg1             59     21     157      8     14     2     38
Rrs1            5952   2186   15834   6587   1822   409   1322
Adhfe1            36     68     302   1762     21    13     16
Mybl1            208    308    1987    372     74    54     97
Vcpip1          8145   5788   13180   8216   3080   440   2576
1700034P13Rik     51     50      77     37     18     3     18
Sgk3            5478   2059    2704   1620   2083   147   3977
Mcmdc2           415    143     295    149    139     6    190
Snhg6          23559  25226   46590  12932   8266  1356   4859
Tcf24             18     17      63     32     10     1      2
Ppp1r42            3      5      16      8      1     3      5
Cops5          27548  15058   49163  23342   9126  1150   7969
Cspp1           5577   4739   10492   6614   2222   362   2130
Arfgef1        14343   9306   18801   9697   5389   684   3766
Cpa6            1528   1064    2236    473   1089    64    707
Prex2             32     32     133    100     11     6     14
A830018L16Rik     53    107      21     12     30     .      9
Sulf1           1138   1041    5277   4538    444   106    757
Slco5a1          130     28     189     33     63     2     16
Prdm14            10      3      21     20      1     .      1
Ncoa2           3812   2279    7627   6328   1710   286   1492
Tram1          92978  48607   61504  18886  27390  2164  19399
Lactb2          4798   1927    9215   4806   1273   249   1254
Eya1            2297   2835    6760   5282   1345   248    777
Msc                5      1      38    139      5     3      1
Trpa1             50     30      41      7     14     3      2
Terf1           2247   2067    7547   2457   1082   162    963
Sbspon            21     32     228     47     12     6     14
4930444P10Rik     30      8      35      6      7     3      8
Rpl7          841034 776479 1318311 361088 314515 30655 175153
Rdh10           3017   2629    5017   3076   2075   177   1581
Stau2           5094   4813    8546   3754   2356   223   2428
Ube2w          15812  11442   27872  14854   5174   743   4810
Eloc           60814  35468   96947  37518  21481  2491  17303
D030040B21Rik    935    541     834    276     85    13    182
Tmem70         12286   7651   24846   9891   3593   573   3322
Ly96            3488   1810    7902   4565   1294   181   1131
Jph1            3947   3287    3128    579   2187   147   1071
Gdap1             29     12     160     91      5     2     11
Pi15             340     74    1899   4471    471    53     53
Gm28154            .      .       4     24      1     .      .
Crispld1         230     61     119     40    234     6    383
Pkhd1              3      1       6     10      .     3      .
Il17f              8      5      30      3      2     2      1
Mcm3            1877    765   13336   1870    645   300    210
Paqr8            276    158    1118    704     74    29     50
Efhc1            238    182     583    300     57     7     87
Tram2           8588   8719    9503   3670   3356   344   2773
Tmem14a         2340   1335    4879   3126    817    83    719
Gsta3             33     32      69    162      9     2      5
Kcnq5             18    100      86      8      6     2     21
Rims1             20     10       8      6      .     .      1
Gm29107          124    125     261    222     72     7     65
Ogfrl1          2476   1408    7567   2966    942   216    852
B3gat2           326    212     327    256    206    40    128
Smap1          52503  30265   52346  29865  21670  1388  16426
Sdhaf4         27177  13247   28494  15850   9559   768   8623
Fam135a         6524   5099    8518   3553   2619   318   1700

 ..............................
 ........suppressing 21689 rows in show(); maybe adjust options(max.print=, width=)
 ..............................
              OBP OB2 LMP MALP OB1 EMP Ocy
Gm30489         .   .   1    .   .   .   .
1700061E18Rik   .   .   1    1   .   .   .
Gm15813         .   1   .    .   2   .   .
Gm34557         1   1   .    .   .   .   .
Gm46416         .   3   1    .   .   .   .
4930455J16Rik   .   .   2    .   .   .   .
Cts8            1   .   1    .   1   .   .
Gm49345         .   .   1    2   .   .   .
Gm8016          .   .   1    2   1   .   .
Irx4            1   1   1    .   1   .   .
CT009718.2      2   .   .    .   .   .   1
1700119I11Rik   1   .   .    .   1   .   1
Gm31452         .   .   1    1   .   .   1
Gm15324         1   .   2    .   1   .   .
Gm48512         1   .   .    .   2   .   .
Gm48311         1   .   1    .   .   .   .
Gm47705         .   .   .    .   .   .   .
Gm48613         .   .   1    .   .   .   .
Gm34611         .   .   2    .   .   .   .
Gm26709         1   .   1    .   .   .   .
Vsx2            .   1   1    .   .   .   .
Rtl1            .   .   .    .   2   .   .
Gm40576         .   .   .    1   .   .   .
Gm15996         .   .   .    2   .   .   .
9230109A22Rik   .   1   1    .   .   .   .
4930592A05Rik   1   1   .    .   .   .   .
4930413F20Rik   1   .   .    1   1   .   .
Trhr            2   .   1    .   .   .   .
Gm30159         .   .   2    .   .   .   .
Ly6h            .   .   .    2   .   .   .
Gm20420         .   .   .    1   2   .   .
Dnajb7          1   .   .    1   .   .   .
Gm29331         .   .   1    1   .   .   .
Gm10337         .   .   1    .   .   .   1
Sec14l5         .   1   .    .   .   .   1
Gsc2            2   .   .    .   .   .   1
Gm21987         .   .   2    1   .   .   .
Slc9c1          .   1   1    .   .   .   .
D16Ertd519e     .   3   .    .   .   .   .
AC117775.1      2   1   .    .   .   .   .
AC122413.2      2   .   .    .   .   .   .
Vmn2r99         .   1   1    .   .   .   .
Gm15947         2   .   .    .   1   .   .
Gm26693         1   .   1    .   .   .   .
Olfr118         1   1   1    .   .   .   2
Olfr127         .   .   1    1   .   .   1
Vmn2r118        .   .   1    .   .   1   .
Gm10190         .   2   .    .   .   .   .
Tmem247         .   2   1    .   .   .   .
Gm10549         1   .   .    .   1   .   .
Pcdha3          1   1   .    .   .   .   .
1700017D01Rik   .   .   1    .   .   .   .
Foxb2           .   .   .    .   2   .   2
Wnt8b           1   .   1    .   .   .   .
Olfr351         2   .   1    .   .   .   .
Sertm1         28   3  21    .   2   2   3
Foxe3           4   .   .    .   .   .   .
Nkx3-2          .   .   2    .   .   .   .
Gm17112         2   .   .    .   .   .   .
Rprl1           5   .   3    .   1   .   1
Tex36           .   .   3    .   .   .   .
Gm47343         1   .   3    .   .   .   .
Olfr728         2   .   1    .   .   .   .
Trav14d-3-dv8   2   .   .    .   3   .   .
Gm39325         1   .   1    .   .   .   1
Gm11479         1   .   .    2   .   .   .
Olfr466         1   .   1    1   .   .   .
Gm21761         2   .   2    .   .   .   2
Gm20767         4   .   3    .   .   .   .
AC122375.2      .   .   3    1   .   .   .
Pxt1            1   .   .    2   .   .   .

I am struggling to interpret this output, specifically (A) are the cell values expressed in counts or a normalized value, like TPM, and (B) what is the difference between the “upper matrix” (with larger numbers) and the “lower matrix” (with smaller numbers and dots). Ultimately, I need the cell values expressed in TPM, so any suggestions would be much appreciated.

Thank you SO much from an aspiring scRNA-seq data analyst!

1

Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức sự kiện 5 sao Thông tin về chúng tôi Dịch vụ sinh nhật bé trai Dịch vụ sinh nhật bé gái Sự kiện trọn gói Các tiết mục giải trí Dịch vụ bổ trợ Tiệc cưới sang trọng Dịch vụ khai trương Tư vấn tổ chức sự kiện Hình ảnh sự kiện Cập nhật tin tức Liên hệ ngay Thuê chú hề chuyên nghiệp Tiệc tất niên cho công ty Trang trí tiệc cuối năm Tiệc tất niên độc đáo Sinh nhật bé Hải Đăng Sinh nhật đáng yêu bé Khánh Vân Sinh nhật sang trọng Bích Ngân Tiệc sinh nhật bé Thanh Trang Dịch vụ ông già Noel Xiếc thú vui nhộn Biểu diễn xiếc quay đĩa Dịch vụ tổ chức tiệc uy tín Khám phá dịch vụ của chúng tôi Tiệc sinh nhật cho bé trai Trang trí tiệc cho bé gái Gói sự kiện chuyên nghiệp Chương trình giải trí hấp dẫn Dịch vụ hỗ trợ sự kiện Trang trí tiệc cưới đẹp Khởi đầu thành công với khai trương Chuyên gia tư vấn sự kiện Xem ảnh các sự kiện đẹp Tin mới về sự kiện Kết nối với đội ngũ chuyên gia Chú hề vui nhộn cho tiệc sinh nhật Ý tưởng tiệc cuối năm Tất niên độc đáo Trang trí tiệc hiện đại Tổ chức sinh nhật cho Hải Đăng Sinh nhật độc quyền Khánh Vân Phong cách tiệc Bích Ngân Trang trí tiệc bé Thanh Trang Thuê dịch vụ ông già Noel chuyên nghiệp Xem xiếc khỉ đặc sắc Xiếc quay đĩa thú vị
Trang chủ Giới thiệu Sinh nhật bé trai Sinh nhật bé gái Tổ chức sự kiện Biểu diễn giải trí Dịch vụ khác Trang trí tiệc cưới Tổ chức khai trương Tư vấn dịch vụ Thư viện ảnh Tin tức - sự kiện Liên hệ Chú hề sinh nhật Trang trí YEAR END PARTY công ty Trang trí tất niên cuối năm Trang trí tất niên xu hướng mới nhất Trang trí sinh nhật bé trai Hải Đăng Trang trí sinh nhật bé Khánh Vân Trang trí sinh nhật Bích Ngân Trang trí sinh nhật bé Thanh Trang Thuê ông già Noel phát quà Biểu diễn xiếc khỉ Xiếc quay đĩa
Thiết kế website Thiết kế website Thiết kế website Cách kháng tài khoản quảng cáo Mua bán Fanpage Facebook Dịch vụ SEO Tổ chức sinh nhật